История  лицея им. Н. Третьякова началась 15 августа 1964 года. Тогда постановлением Комратского городского  совета народных депутатов по улице Ленина, 144 была открыта средняя общеобразовательная школа №5. Поэтому 1964 – 1965 учебный год считается днем   рождения этого  учебного заведения. Городской совет народных депутатов  четко и конкретно  определил границы микрорайона  новой школы – от переулка  Фрунзе до поселка «Кукурузный  завод» и  в связи с этим – всем детям, обучающимся на тот момент  других учебных заведениях г.Комрата,  но проживающих в данном микрорайоне, пришлось с 1 сентября перейти и продолжить дальнейшее обучение в стенах новой школы.

Первым директором школы был учитель истории Кузнецов Михаил Иванович с 1964 -1965 уч.года по  1966-1967 уч.год. Школа  занималась в две смены вплоть  до 2013-2014 уч.года . За свой более чем  полувековой  возраст  в школе сменилось 9 директоров. Вторым директором с 1966-1967 уч.год.  по 1969-1970 уч.год. был Григорьев Иван Николаевич, учитель математики. Третьим директором с 1 сентября 1969-1970  уч.год. по 1981 -1982 уч.год. была Столярчук Людмила Арсентьева, делегат республиканского  съезда учителей в 1969 году, получившая в 1968 году звание «Отличник Народного образования МССР», а в 1972 году ей было присвоено звание «Заслуженный учитель МССР».

В 70-е годы проводилась большая  поисковая работа, связанная с участниками боевых  действий на территории г.Комрата,  особенно с теми, кто первым  освободил  г.Комрат  и его жители от немецких захватчиков.

Им оказался танкист – гвардеец, Герой Великой Отечественной войны Николай Николаевич Третьяков  и в 1974 -1975  уч. году  к 30-летию  Великой Победы на фашизмом за  проделанную большую  поисковую работу  нашей школе  одной из первых  в районе было присвоено   имя Героя  Советского Союза Н.Н.Третьякова.

Наша школа пережила несколько этапов  реформирования образования. В  период с 1965-1966 уч.год. по 1992-1993 уч.год  обучение было десятилетним, за это время было  выпущено 73  выпускных класса с десятилетним образованием, что составляет примерно  около 2 тысяч выпускников. Затем  образование перешло на 11-летнее обучение, которое длилось с 1993 -1994 уч.г.  по 2006-2007 уч.год., было выпущено 24 класса примерно около 700 выпускников.

С 2004-2005 уч.года  перешли на новый  вид обучения на лицейское образование,  т.е. 12 – ти летнее  обучение, за это время выпущено  уже 21 лицейский класс, примерно около 650 лицеистов. Следующим директором была Кузнезова  Ирма Петровна  с 1981-1982 уч.год. по 1987-1988 уч.год. учитель географии, присвоено звание «Отличник  просвещения  СССР».

С 1988-1989 уч.г. по 1991-1992 уч.год. директором  средней школы, № 5 была назначена учитель  истории и обществоведения Верещака Надежда Григорьевна.

Шестым директорам  нашего учебного заведения была Радова Елена Ильинична учитель начальных классов  и истории.  Начиная с 1992-2007 -2008 уч.год. В 2005  году  ей было присвоено звание «Заслуженный  педагог Гагаузии». Она стала родоначальником превращения средней общеобразовательной школы № 5 в теоретический  лицей, таким образом за хорошие результаты и достигнутые успехи в деле  обучения и воспитания подрастающего  поколения решением  Комратского районного  отдела народного  образования средняя общеобразовательная  школа № 5 им. Н. Третьякова  получила статус  теоретического лицея им. Н. Третьякова, т.е. с 2004-2005 уч.г. мы   существуем как  теоретический лицей им. Н. Третьякова.

С 2008-2009 уч.г. по 2009-2010 уч.год. директором  была назначена учитель начальных классов, а  также учитель русского языка и литературы Петрова Валентина Александровна, которой в 2008 году было присвоено звание «Заслуженный  педагог Гагаузии».

Следующим  восьмым директором уже  теоретического  лицея им.Н.Третьякова стала молодая учительница гагаузского языка Кравцова Наталья Петровна в период с 2010-2011 уч.год. по 2014-2015 уч.г. Ныне действующим  директором лицея является молодой, перспективный учитель  болгарского языка Пынтя Полина Сергеевна.

Начиная с появления молодых и энергичных директоров,   лицей преобразился, как  внешне, так  и внутренней. Изменился  внешний облик лицея, школьная территория  приобрела благоустроенный и приятный вид. Это все благодаря участию в разных конкурсных проектах, где наши преподаватели выигрывали гранты  на осуществление  разных  программ.